Chociaż endodoncja jest bardzo precyzyjnym zabiegiem, a stomatolog endodonta, który robi leczenie kanałowe, w tym celu korzysta z mikroskopu, bywa tak, że ciężko jest dotrzeć do wszystkich odnóg zębowego kanału. W takiej sytuacji niezbędna jest chirurgiczna resekcja zęba. Polega to na dojściu do przeoczonej części zębowego kanału, gdzie mieści się infekcja. Żeby dojść do kości stomatolog rozcina tkankę śluzówki. Tym sposobem może dobrze obejrzeć ząb oraz wyciąć objęte chorobą fragmenty. W chwili, kiedy kanał jest już odpowiednio oczyszczony napełnia go stomatologicznym cementem.
Tak samo jak w przypadku leczenia kanałowego, współcześnie w gabinetach stomatologicznych, chirurg przeprowadza resekcję zęba pod mikroskopem. To oznacza, że zabieg jest dokładny oraz pozwala stomatologowi dojść do wszystkich odnóg zębowego kanału. Z reguły już po kilku dniach od przeprowadzenia leczenia, stomatolog może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy leczenie przebiegło poprawnie, można ocenić, po upływie tygodni, a tego głównym wyznacznikiem będzie zniknięcie dolegliwości bólowych.
Przeważnie resekcja zęba konieczna jest, gdy stomatolog nie może zobaczyć dobrze zęba. Na przykład z uwagi na nietypową budowę kanału. Zdarza się, że dookoła zainfekowanej tkanki znajduje się ropień lub torbiel okołowierzchołkowy. Wtedy nie ma możliwości dojścia do zęba przez leczenie kanałowe. Chirurg stomatolog oceni co będzie najlepsze.